În această direccţie, proiectul CUC a fost un exerciţiu de monitorizare şi benchmarking aplicând o metodologie deja testată într-o faza pilot a proiectului (octombrie 2007 – mai 2008). Pentru a putea stabili aceste criterii de comparaţie, mai întâi s-a făcut o analiză şi o hartă a problemelor de integritate existente în sistemul universitar românesc, clasificându-le apoi după categoriile experţilor în domeniu. În funcţie de importanţa lor în viziunea Coaliţiei, fiecărei categorii i-a fost acordat un punctaj. A rezultat un chestionar care a cuprins următoarele capitole de analiză:
1. transparenţă şi corectitudine administrativă;
2. corectitudine academică;
3. calitatea guvernanţei;
4. management financiar.
Evaluarea integrităţii academice a fost realizată prin intermediul unor echipe de evaluatori, formate din experţi şi studenţi. Echipe mixte, un expert şi un student, au vizitat fiecare universitate, unde au avut întâlniri cu conducerea universităţii, studenţii, sindicatele şi alte părţi interesate. Au fost evaluate patruzeci şi două de universităţi de stat din totalul de cincizeci şi şase, fiind excluse din evaluare universităţile de artă şi academiile de poliţie, navală şi a forţelor terestre şi aeriene, pentru că aplicarea aceloraşi criterii de evaluare era imposibilă.